Jordania leży w strefie klimatu zwrotnikowego - kontynentalnego suchego. Wyjątkiem są tu wyłącznie krańce północno-zachodnie, gdzie panuje klimat umiarkowany kontynentalny.
Kraj zbudowano nad rzeką Jordan, od której Jordania wzięła swoją nazwę. Jest ona największą rzeką Jordanii. Spotyka się tu również rzeki okresowe. Największym słodkowodnym akwenem w kraju jest sztuczny zbiornik King Talal, na rzece Az-Zarka.
W przeważającej części Jordania jest krajem wyżynnym. Większość jej terenu zajmują równiny położone na wysokości od 700 do 1000 m n.p.m. Na południu dominuje półpustynny krajobraz - znajdują się tu regiony Moab i Idumea, zaś na wschodzie przeważają pustynie, w tym pustynia Harra, gdzie dominują rozległe pola czarnych law pochodzenia wulkanicznego. Na północnym zachodzie Jordanii ukształtowanie terenu sprzyja rozwojowi osadnictwa.
Najwyższym punktem Jordanii jest góra Dżabal Umm ad Dami w górach Dżabal-asz-Szara, położona na południowym zachodzie kraju, wznosząca się na 1854 m n.p.m. Najniższym punktem jest z kolei depresja Morza Martwego, sięgająca 408 m p.p.m.