Początek państwowości współczesnej Andory sięga czasów panowania Karola Wielkiego. Mieszkańcy Andory wykazali się odwagą podczas starć z Maurami, ramię w ramię walcząc z oddziałami Karola Wielkiego. W zamian za to nadał on Andorze prawa miejskie.
W XII wieku Andora stała się lennem hrabiów Urgell, aby w 1133 roku przejść pod władanie biskupa z La Seu d`Urgell. W kolejnych latach niejednokrotnie o terytorium Andory spierali się biskupi i hrabiowie z Foix. Ostatecznie konflikt ten udało się rozwiązać w 1278 roku na mocy zawartego porozumienia - Traktatu o Wspólnej Suwerenności. Biskupi i hrabia z Foix zostali współrządcami Andory, przez co jej mieszkańcy płacili daniny obu stronom w wysokości 460 peset rocznie dla biskupów Urgell i 960 funtów hrabiom. Kiedy zmarł Gaston IV w 1472 roku, prawa hrabiego Foix przeszły na królów Nawarry, a następnie jego wnuk Franciszek przejął obydwa trony.
W XV wieku na wniosek miejscowej ludności został powołany lokalny parlament. W 1419 roku powstała Rada Terytorialna, przekształcona później w Radę Generalną. W 1607 roku na mocy edyktu króla Francji Henryka IV przekazał on swoje prawa do współrządzenia Andorą francuskiemu tronowi. W wyniku tego sukcesorzy monarchii francuskiej stali się później przywódcy republikańskiej Francji.
W okresie od 1812 do 1814 roku, kiedy Francuzi przejęli Katalonię wraz z Andorą, znalazła się ona w departamencie de Segre. Także w XX wieku, w 1933 roku Francja zajęła Andorę w obliczu społecznych zamieszek przed wyborami.
Ciekawostką może być fakt, że Boris M. Skosyriew, awanturnik z Rosji, w 1934 roku obwołał się Borisem I, niepodległym księciem Andory, ale był nim jedynie osiem dni. Został aresztowany przez policję hiszpańską i wydalony z terytorium. Andora była świadkiem wielu walk pomiędzy Francuzami i Hiszpanami. Pozostawała za to neutralna w okresie II wojny światowej, a dopiero w 1958 roku ogłosiła pokój z Niemcami po I wojnie światowej, z którymi pozostawała formalnie w stanie wojny. Od 1993 roku Andora jest członkiem Organizacji Narodów Zjednoczonych.